این بنا در مرکزشهر خاروانا واقع شده است. از تبریز به سمت شهر ورزقان حدود ۷۵ کیلومتر راه اصلی دارد که بعد از شهر ورزقان نیز به سمت خاروانا در حدود ۷۰ کیلومتر راه فرعی است . مسیر بین شهر ورزقان و خاروانا پر از جاذبه های طبیعی گردشگری است که از آن جمله قلعه ی زیبای جوشین و دره ی جوشین نیز در این مسیر قرار دارد و چشم هر بیننده ای را می نوازد و رنج سفر  را با پدیده های زیبای کوهستانی و گردنه های جذاب پر از تمشک مخصوصا در فصل بهار ، کمتر و کمتر می کند. بنای اصلی مسجد به سده های ششم و هفتم هجری منسوب می باشد که در دوره قاجاریه مرمت و تعمیر شده است. درازای این مسجد ۶۰/۱۹ متر و پهنای آن ۸۰ /۱۳ متر و قطر گنبد اصلی آن ۸/۵ متر است. فضای زیر گنبد از پنجره های دیوار خاوری نور می گیرد. در بخش شمالی بنا که مقطعی صلیب وار دارد سکوی مرتفعی است که ازطریق پلکانی که از مدخل دیوار شمالی شروع می شود، قابل دسترسی است. در اصل، تنها مدخل فضای زیر گنبد، از طریق ایوان بوده که بعد ها با برش مورب گوشه شمالی دیوار راهروی دیگری به این فضا باز کرده اند. در شمال گنبد خانه، اتاق طویلی با در گنبد، طاق نما و پنجره های باریک وجود دارد که تنها از طریق مدخل شمالی می توان به آن وارد شد. گمان می رود که این فضا به نمازخانه بانوان یا قرائت قرآن اختصاص داشته است. ظاهرا بنای فعلی مسجد در دوره شاه صفی در عهد صفوی احداث و در دوره قاجار تعمیر شده باشد. در این مسجد دو کبیته نیز وجود دارد.

اين مسجد در نوع خود كم نظير بوده و بعد از انقلاب اسلامی  مرمت دوباره شده است. این مسجد توسط دختران بایندربیگ ساخته شده است. آنها بطور همزمان لنگه مسجد خاروانا را در اردوباد نخجوان ساخته بودند. در آن زمان بایندر بیگ حاکم دیزمار ارسباران و اردوباد بوده و قبر وی در روستای دوزال قرار دارد.دوزال اقامت گاه زمستانی و شهر خاروانا اقامتگاه تابستانی بایندربیگ بود .